在制药生产的过程中，会有很多的污水排放出来。制药类的污水不仅污染水质，有的还污染空气、土壤。一定要进行足够的处理，出水水质确保符合排放标准。制药为了生成就一定会产生污水，污水对环境又会造成很大的污染。因此，制药生产和污水是矛盾的、对立的。为了确保制药生产的进行，就要解决污染的问题。为了避免污染，就要将污水处理达标，以保护环境不受污染。污水要转化为达标的水质，就要进行一系列的污水工艺处理。排放的标准是确定的，污水的水质参数也是要检测的。找到现在的水质和目标水质的差异，就是需要解决的问题。所以，从本质上来讲，污水处理就是解决水质的差异。

制药污水和清水都是水，这是水的共性。制药污水既有共性的水质，也有个性化的水质。制药污水处理的目标是将个性化的水质转化为共性的水质，个性的水质也就是制药污水的特点。制药废水的主要特点是：成分复杂、有机物浓度高、可生化性差、间歇排放。成分复杂表现为污染物种类多，结构分子量大。刚从生产线上排出来的污水，悬浮物、颗粒或油脂多、味道重、毒性大，甚至还带有温度。这些特征是阻碍废水处理的外在表现，要先解决掉这些问题。对污水进行调节，通过混凝沉淀、气浮、吸附、过滤等方法将这些悬浮物给去除，特别是有毒有害的物质，要先进行处理掉。否则，对管道或施工调试也会造成影响。

对污水进行过滤分离，去除大多数的悬浮物，就要对水质进行降解。水质中含有大量的有机物，有机物浓度高是要解决的关键步骤。如重金属或臭味等都可以通过物理或化学的方法过滤或吸附处理，而有机物是要靠微生物来降解才能彻底的。如果污水中的有机物不能直接使用微生物降解，就要先将污水进行化学氧化处理。化学氧化的方法主要是铁碳-芬顿试剂，即靠化学试剂Fe2+和H2O2发生反应生成具有强氧化性的羟基离子，在污水中和有机物发生氧化还原反应。使用这种方法就要考虑投放药剂的比例，水质浓度、温度和pH值等因素的影响，避免出现二次污染。如果水量比较大，消耗的成本也会增加。在制药污水处理的过程中，如果没有特别的要求，也可以先进行脱盐处理，再使用IC内循环反应器，来作为预处理的步骤。

经过预处理的制药污水，要经过厌氧和好氧处理，才能达到微生物降解的要求。生物氧化的主要影响因素是活性污泥即微生物，培养并选择适合的高效微生物，对微生物氧化污水有机物有直接的影响。其次，确定生物氧化的外在影响因素。当外在因素越不利的时候，微生物降解就越慢。为了加快微生物的降解，就要确定最佳的影响因素。比如温度和pH值的选择，经验是可以参考的，试验是必要的。

比如，在厌氧反应的过程中，使用升流式厌氧活性污泥法（UASB）可以大幅节约能耗、提高反应效率。在三相分离器的作用下，UASB加快了水力循环，使得污泥和有机污染物混合更均匀，反应效果更好。再使用好氧处理法，可以将COD进一步降低。常用的好氧处理法是接触氧化、深井曝气池、序批式间歇活性污泥法（SBR）、生物膜氧化法等，各种方法的选择都是结合废水的水量和水质特性来确定的，以达到增效降本的目的。每种设备的研发都是在个别的条件下产生的，污水设备的制造是以共性的需求来定的，在各个污水处理项目过程中又要利用共性的处理特点来适应个性的处理需求。